Einen Schwerpunkt des Archivs bilden Teil- bzw. Splitternachlässe von Ethnolog*innen, Reisenden und ehemaligen Mitarbeiter*innen wie beispielsweise von Otto Finsch, Franz Heger, Erzherzog Franz Ferdinand von Österreich-Este, Robert Unterwelz, Wanda Hanke und Etta Becker-Donner. Einige Nachlässe wurden bereits bearbeitet und teilweise publiziert.
Weiter inhaltliche Schwerpunkte sind noch die Bestände des Verwaltungsarchivs und die handschriftlichen Unterlagen zu einzelnen Sammlungserwerbungen.
Die wissenschaftliche Erfassung der Bestände wird kontinuierlich fortgesetzt.